По версии следствия, в 1998 году бывший бизнесмен решил устранить криминального авторитета Филиппова. Мотивом могла послужить личная неприязнь — Быков хотел укрепить свой авторитет в криминальной среде, а Филиппов ему в этом мешал. Подсудимый подговорил своих знакомых, одним из которых оказался Вилор Струганов по прозвищу Паша Цветомузыка, разобраться с Филипповым быстро и без лишнего шума.
Летом 1998 двое мужчин расстреляли из переделанных под боевые патроны двух газовых пистолетов криминального авторитета рядом с домом №187 на ул. Алёши Тимошенкова. В 2013 году один из нападавших — Паша Цветомузыка был осуждён, как организатор убийства, однако спустя десять лет следствие указывает на Анатолия Быкова. Сам Цветомузыка проходит по делу как свидетель. Ранее экс-бизнесмена уже судили за организацию убийств Кирилла Войтенко и Александра Наумова, которых он подозревал в покушении на свою жизнь. Однако сам Быков свою вину полностью отрицает.
Первоначально Быкова обвинили в убийстве организованной группой, но позже заменили квалификацию на организацию и подстрекательство к убийству группой лиц (части 3 и 4 статьи 33, пункта «ж» части 2 статьи 105 УК РФ). Следствие считает, что его вину подтверждают не только собранные доказательства, но и его показания, данные в суде. Аргументы защиты же противоречат между собой и показаниям самого Быкова.
Приговор суда — 12 лет колонии. По совокупности приговоров за другие преступления, Быков проведёт в колонии строгого режима 20 лет. После поступления приговора в прокуратуру будет рассмотрен вопрос о наличии оснований для его обжалования.
Отметим, что Владимир Филиппов был известен тем, что занимался вымогательством и рэкетом в 1980-е. В частности, он пытал утюгом директора Уярского мясокомбината. За это криминального авторитета осудили на 20 лет колонии, но он освободился раньше срока. На свободе он успел побыть всего 8 месяцев.